ASC25记事

今日大雨，雨声打在玻璃窗上，氛围甚好，遂成此文

什么，“小白”也能入队？

结识超算，既不是源于兴趣，也不是出于使命，大都是缘分和误打误撞。当时大二往哪个方向走，想起要搞差异化竞争（看到大多数人去搞AI，自己去搞点不一样的），又想着充分利用资源（觉得国家超算中心这个title很牛逼），故往HPC的方向走了。

其实，我早在大一下就想报名参加，奈何一直找不到入口（也是吃了信息差的大亏），直到大二下，从原本的“电磁波”专业转入了计算机专业，才了解到了入队渠道。（要不然可以多打打几届ASC和ISC，遗憾）

中大超算的入队分为俩个部分，一个是完成分发的入队任务，一个是线下的面试。

任务不多，大致两个部分，系统运维+应用优化，也分别对应了传统超算比赛的需求。

系统运维是我最为艰难的部分，因为需要使用linux系统。像我这样的计算机小白，以往只听说过linux的大名，什么各种性能好扩展性强的好处，实际上一直用的都是大众化的windows（一点没黑windows）。这次系统运维是我第一次接触Linux，从五彩斑斓的UI界面变成了黑框框bash终端。还记得当时用的是虚拟机，VMware playtion，不得不提，一定要使用pro版本，支持虚拟机拷贝，入队的时候用的普通版，环境无法备份，搞炸后又得重装，人直接麻了一半，着实消耗了大部分时间。

系统运维部分影响最深刻的是“环境变量”和”软件编译“。
讲真，当时一点都玩不懂环境变量。特别是一些编译的环境变量，什么共享库，CXX_FLAGS之类的，之前对编译链接那一套系统理解太少了。又有什么cmake、makefile之类的，也是一窍不通。（为啥我windows点一点就好了，你Linux这么多事呢？）好在后面一点点不知识，越用越活了，虽然现在还是个小白。

应用优化都是做一些常见小组件的优化，比如说seidel迭代之类的。幸亏有大模型代打，openmp、pthread、mpi轮番伺候，这些小代码的优化并不算问题。招新到后期，群里突然冒出来一个比我优化高很多的家伙，慌了，寻思着怎么干碎他们。想了一想，机子上不是有GPU么，遂走上cuda不归路，后面发现我是唯一一个把这些小组件上卡的，不过上卡的缺点是初始化和数据传输太慢了，计算真不是问题。

还记得招新从12月一直到4月，而我是二月底开始干活的，比别人少了两个月，但好在有惊无险（虽然最后一俩周基本都在赶这个事情）。

备战，可曾见过凌晨五点的中大

初赛我分配到的是生物信息赛题。唉，这个背景知识可要了我的老命，从刚开始一点不懂RNA、比对、位点修饰那一套，到能说的头头是道，中间的艰辛难与外人说。

RNA这个赛题，说难不难，说易不易，这是一个热点非常明显，优化收益非常高的流水线系统。其热点集中于hisat-3n、umi-collapse，只要把这俩个部分优化了，整个流水线的速度就上去了。

在初赛，我主要优化了hisat-3n，umi-collapse当时比起hisat-3n是一点都不够看。这个玩意儿主要是有大量的锁和同步操作，所以线程的可扩展性非常差。

当然，这也是我第一次优化真实的应用，上来先是编译，调一下编译参数。调的差不多了，开始profiling看源码，一看，我嘞个豆，全卡在同步操作和锁上，线程数一大，大家都排着队等锁。此外，在hisat-3n-table中，工作状态切换过快，导致调度开销和切换开销过大，我索性大刀阔斧的改了某参数，要求处理完一整个大批次（一条chr）才切换，速度框框上来。随后，又替换了无锁队列…..

总之，在一番折腾后，这一块取得了显著的加速比，但是umi-collapse那一块一直是心头石，还好后面决赛优化了。

提交proposal的前两天，是近乎通宵的。虽然优化做的还不错，但你得让别人知道你做了什么，科研项目中PPT永远是最远价值的。秉持着写好proposal的初心，与latex的第一次相遇开始了。

为了写proposal，我写了一版中文的初稿，后面有人提议直接写英文，但我仍然觉得中文的初稿至关重要，中文稿转正式稿速度慢的原因是不懂用latex。

latex这个东西与world/markdown比较，有点类似于“声明式编程”同“指令式编程”的区别，markdown和world是近乎所见即所得，但是一切细节都需要自己操作，latex是给你模板好了，自己写字声明即可。但当时不懂语法呀，什么插图，item之类的搞了好久。

已经忘记了当时为啥搞那么久，只记得花了很多很多的图标，这些图都是我通过excel和visio产出的，堪称亲生儿子。最后一天，一切的一切搞完后，已经到了早上七点，人已经疲惫不堪，草草的和H君吃了个早餐，便直奔这酒店躺了两天。

出发，去青海

依稀记得是三月还是四月？收到了决赛入围的消息。当时甚是高兴，起码一等奖稳了，更进一步也不是不可能。离决赛还有一个月的时间，中间把umi-collpase那一部分优化了，又做了很多跟DNA相关的事情，后面才发现，一点跟DNA的影子都没找到，因为官方在决赛前一天发了通知，大概意思就是没有DNA，白瞎了俺数十个小时的投入。

交流与共同，先找准方向，再去努力，才能避免迷茫与错付。

day0

第零天，也就是5月9号，出发去青海，落地，这个城市着实荒凉，感觉比起我的老家(某湖南十八线小县城)还要荒凉，路上没有啥人，旁边的W君一直说这是个鬼城。索性睡得地方不算太糟，晚餐也不算太糟，算是一个良好的开局吧，心里略感激动，又想起还有好多作业没写，难受，大学学分什么时候能砍一半！

day 1

第一天，是装机日，由于没带显卡，装机到下午就完成了。我不太懂硬件和系统相关的知识，所以第一天负责“拧螺丝”，拧玩螺丝，看看大佬们大声讨论着bios的各种设置，默默的在cpn的集群上跑起自己的应用测试一下效果。到了晚上，由于进度喜人，大家情绪都比较高涨，已经忘记吃的是啥，稀里糊涂就到了第二天。

day 2

第二天，依然是装机日。但是上午出了点小问题，一直到下午才能在机器上跑起来。中途（又好像是day 1）去拍了些照，摆了一些抽象的姿势，但是没有返图…

day 3

今天主要有alfoad和团队应用，af3队友非常强大非常给力，几分钟跑完所有测例，剩下时间都在优化。团队应用已经有人在做负责，我就打打下手，把一些边角料的工作搞定，就继续写我的RNA流水线去了（后面发现没个锤锤用）

day 4

第四天，也是红温的一天。因为有三个应用要在今天跑，所以压力大。我负责的应用也在今天，刚拿到赛题，心里一喜，因为数据集都是见过的，只是测时方式不同，于是乎开始改脚本。事实证明一些重要但工作量少的工作一定要在赛前搞定，不要拖到赛中，就好比改那个脚本，我已经预料到可能会出现这种形式，但是选择相信比赛时的自己，最后翻了车。翻车现场是：bash脚本中ssh到某个节点后，执行另一个脚本，再执行copy操作没有效果，后面才发现ssh久了没有操作会直接断开，于是采用了两次ssh操作解决了这个问题。但是修复好BUG的时候已经到了下午，所以只有6个小时来跑所有的应用了，时间非常赶，草草跑完了RNA。随后关注队友的情况，deepseek最后一个测例只能单节点，一跑要俩个小时，神秘应用那边情况不明朗。总之由于剩余时间非常少，我们五台机器被均分给了三个应用，大多数时候，是RNA三个节点，deepseek一个节点，神秘应用一个节点。

最后，提交结果的时候，发现理解错题目意思，彻底红温，题目要的是14个数据集（6个测例）一起跑的时间，我每个测例测一次，导致并行效率低。后面了解到某些队伍跑完只用二十多分钟，而我的一百分钟，相形见绌，即使把对题目的理解补上，时间大概也就到三十多分钟，还是差了许多，不得不说，人家确实牛逼。

晚上，草草的赶完PPT，就睡到了明天。

day 5

第五天是答辩，由于没有参加答辩，这天几乎在摸鱼，在思考。

day 6

• 在酒店摸鱼
• 西宁一家烤肉店真好吃

day 7

• 出去玩
• 看黄河，看五彩的山，看黑白的咩咩叫的羊

溜达与幕后

• 青海溜达
• 回来事情嘎嘎多
• 。。。。。。未完待续

一些经验之谈

• 与人交流，RNA那道题没有得到生信师兄的支持，单机游戏，浪费了很多时间
• 事情多，那就逐个击破，不要害怕。